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ざっくりと、メインループとサブループは以下のように理解しています。

・メインループ：URLをもとにワードプレスのコアファイルが回すループのこと。
・サブループ：URLに関係なくワードプレスのデータベースからデータを取得して回すループのこと。

メインループを回すためにwordpressでは query_posts() が使用されていますが、 get_posts() と WP_Query()の３つの違いを整理してみます。

query_posts() は使用が推奨されていません。 has_posts() の記述のある親テーマを引き継いで編集するために、この関数でループを回したかったのですが、良くない方法だそうです。動作も重いとのこと。

$wpdbを利用してデータベースにアクセスする方法もあるのですが、ループを回したいのであれば$wpdbよりもget_posts() か new WP_Query() を利用したほうが少ないコードで済みそうです。

なお、functions.php の中で使用する場合は global $wpdb の宣言が必要です。

まずは投稿タイプが post の場合。

<?php the_category( $separator, $parents, $post_id ); ?>

だと、すべてのカテゴリが表示されてしまうので、下のコードを利用してカスタマイズ可能。

カスタム投稿タイプの場合

タクソノミ―に紐づくタームを出力します。